Le Port autonome de Cotonou honore le Bénin sur le plan africain. Selon le dernier classement du magazine Africa logistics, il a été classé 6^ème dans le top 10 des meilleurs ports d’Afrique. Ce succès fait du Port autonome de Cotonou, l'un des plus attractifs du continent précisément dans la sous-région Ouest africaine.

Pour preuve, le port de Cotonou devance dans le classement le port d'Abidjan en Côte d'Ivoire, le port de Tema du Ghana, le port de Dakar au Sénégal et le port de Dar Es Salaam de la Tanzanie.

Seuls cinq (05) devancent celui de Cotonou. Il s'agit notamment du port de Durban en Afrique du Sud, du port de Tanger Med au Maroc, du port de Mombasa du Kenya et du port de Djibouti.

En 2018, la structure administrative de la gestion du Port autonome de Cotonou a été confiée au Port d'Anvers international (PAI). Par cette initiative, le gouvernement entend réorganiser et restructurer l’administration du port à travers entre autres l’information sur les services, la diffusion d'un code de bonne conduite et la formation du personnel.